江戸城潜入調査の部隊長は基本、攻撃を受けません。
部隊長が攻撃を受けるのは、部隊長以外が全員敵に倒されて(生存が0になって)戦線離脱した場合のみです。
そして部隊長が生存が0になると強制帰還となり、入手した鍵が減ってしまうので気をつけましょう。
アイテム「調査道具一式」を使用中であれば、部隊長が生存が0の重傷になっても、入手した鍵は減らずに、すべて持ち帰れます。

ただ、江戸城潜入調査は簡単なイベントです。
超難であっても要求レベルがそれほど高くないうえ、敵が遠戦してきません。
敵に攻撃される前に、先に行動して一発で倒せる強さがあれば部隊長が重傷になる心配はありません。
(関連ページ)
●江戸城潜入調査(超難)の推奨レベル
